In het 5e en 6e jaar richt de aios zich op verdere verdieping in één of meerdere deelgebieden binnen de interne geneeskunde tijdens de enkelvoudige differentiatie van 24 maanden of meervoudige differentiatie bestaande uit 2 of 3 onderdelen van elk 12 c.q 8 maanden.
De internist met een meervoudige differentiatie beschikt over extra deskundigheid op meerdere deelgebieden. De differentiaties zijn mede onder invloed van een onophoudelijke groei van kennis ontwikkeld. Het is niet meer mogelijk de kennis en behandeling van alle interne ziektebeelden in details te overzien, voor de meeste internisten zelfs niet in globale termen. Tegelijkertijd zal iedere internist in een differentiatie een brede basiskennis moeten hebben en behouden aangezien er vaak sprake is van multimorbiditeit, voor het doen van diensten en omdat de patiënten zich overwegend presenteren met een klacht en niet met een omschreven ziektebeeld.
De toenemende specialisatie kan gemakkelijk leiden tot fragmentatie van zorg met te veel specialisten rond een enkele patiënt. De wenselijkheid van het behoud van internisten met een zeer brede opleiding wordt binnen de NIV breed onderschreven. Daarom is het een nadrukkelijke opleidingseis dat aios tijdens hun differentiatiejaren continu blijven participeren in de activiteiten van de Interne Geneeskunde in de volle breedte. 20% van de tijd tijdens jaar 5 en 6 dienen dan ook besteed te worden aan de ‘algemene’ interne geneeskunde, ofwel, de interne geneeskunde van buiten de eigen differentiatie.
Voor de 5e-6e jaars aios is er de mogelijkheid tussenwachtdiensten te verrichten voor de algemene interne geneeskunde of de differentiatie waarvoor men in opleiding is. Hiervoor zijn afspraken gemaakt, deze zijn te vinden als aparte subhoofdstuk onder dit hoofdstuk.