In het 5e en 6e jaar vindt differentiatie plaats, waarbij de AIOS kan kiezen voor een enkelvoudige differentiatie van 24 maanden of voor een meervoudige differentiatie bestaande uit 2 of 3 onderdelen van elk ten minste 8 maanden.

De ontwikkeling van differentiaties binnen de opleiding is een voortgaand proces dat nauw verbonden is met de ontwikkeling van medische kennis en de wensen vanuit de samenleving. Tijdens de laatste twee jaar van de opleiding kan de AIOS zich richten op verdere verdieping in één deelgebied binnen de Interne Geneeskunde, de enkelvoudige differentiatie of korte periodes (minimaal 8 maanden) in verschillende deelgebieden, de meervoudige differentiatie.

De enkelvoudige differentiaties komen goeddeels overeen met de voormalige profielen of aandachtsgebieden. De internist met een meervoudige differentiatie beschikt over extra deskundigheid op meerdere deelgebieden. De differentiaties zijn mede onder invloed van een onophoudelijke groei van kennis ontwikkeld. Het is niet meer mogelijk de kennis en behandeling van alle interne ziektebeelden in details te overzien, voor de meeste internisten zelfs niet in globale termen. Tegelijkertijd zal iedere internist in een differentiatie een brede basiskennis moeten hebben en behouden daar er vaak sprake is van multimorbiditeit, voor het doen van diensten en omdat de patiënten zich overwegend presenteren met een klacht en niet met een omschreven ziektebeeld.

De toenemende specialisatie kan gemakkelijk leiden tot fragmentatie van zorg met te veel specialistenrond een enkele patiënt. De wenselijkheid van het behoud van internisten met een zeer brede opleiding wordt binnen de NIV breed onderschreven. Daarom is het een nadrukkelijke opleidingseis dat AIOS tijdens hun differentiatiestages continu blijven participeren in de activiteiten van de Interne Geneeskunde in de volle breedte.

Voor de 5e-6e jaars AIOS is er de mogelijkheid tussenwachtdiensten te verrichten voor de algemene interne geneeskunde of de differentiatie waarvoor men in opleiding is. Hiervoor zijn afspraken gemaakt, deze zijn te vinden als aparte subhoofdstuk onder dit hoofdstuk.